Ответы:
Вы используете htop, который показывает потоки как отдельные процессы. Чтобы быть уверенным, проверьте с помощью ps aux| grep rtorrent
или в htop используйте H
ключ, чтобы показать / скрыть пользовательские потоки.
Так что это нормально, что вы видите в htop.