Ответы:
Да, если у вас есть версия 3.0.0 или более поздняя (или предварительные версии). Если вы перейдете на вкладку «Ключи» в настройках iTerm2, вы должны увидеть флажок «Окно горячих клавиш скрывается при потере фокуса» в разделе «Горячие клавиши». Снимите это.