Похоже, у Powershell нет возможности отключить сертификаты. Что удивительно, возможно, я скучал по ним. Но у него есть команды для импорта, экспорта и удаления.
Можно (и проверить это с виртуальной машины со снимками или что-то в случае, если первая ревизия не сработает) написать скрипт powershell для экспорта всех сертификатов, их удаления, приостановки, пока вы делаете то, что вы делаете, а затем импортировать их снова.
Это не дает таких же результатов, как их отключение, но, поскольку вы не говорите, почему вы это делаете, это может быть достаточно близко для ваших целей.
Я считаю, что отключение сертификата делает то же самое, что и пометить его как ненадежное. Если это так, вы можете выбрать их все и перетащить в хранилище ненадежных сертификатов. Но проверьте, что там уже есть - вы не захотите возвращать существующие ненадежные обратно, когда закончите.
Cert:\LocalMachine\Root
. Там может быть способ отключить сертификаты.