У меня такая же проблема. Открытие терминала и запуск команды
sudo gdisk -l /dev/sda
указал, что у меня есть таблицы MBR и GPT. Это произошло потому, что на моем компьютере изначально была установлена Windows 8. Windows 8 использует схему GPT. Я установил Windows 7 поверх него. Windows 7 использует MBR, и, наконец, мой диск оказался MBR с некоторыми ошибочными данными GPT.
Это известная проблема, которую можно исправить с помощью FixParts
fixparts /dev/sda
Программа автоматически обнаружит проблему и предложит решение. Подробнее здесь, если вы заинтересованы.
Программа легко доступна в Ubuntu 14.04 Live USB.