Я не думаю, что это возможно с помощью калибра. Обработка изображений может быть как-то возможна, но поскольку математические выражения обычно хранятся в виде текста, они, вероятно, будут испорчены любыми усилиями преобразования.
Вместо этого я бы посоветовал вам взглянуть на k2pdfopt . Это позволяет генерировать новый PDF-файл, оптимизированный для размера дисплея вашего читателя.
Он может обрабатывать несколько столбцов, изменять размер и переформатировать текст, сохранять изображения и формулы. Таблицы также часто сохраняются, но остаются маленькими. Просто попробуйте, может быть, это работает для вас.
Если вам понравились результаты и вы не против джейлбрейка Kindle, вы можете запустить программу прямо на нем. Я приведу некоторые подробности об этом в этом ответе на сайте электронной книги StackExchange.