Я столкнулся с той же проблемой. Один файл, содержащий нечетные, один файл, содержащий четные страницы отсканированной книги. Я просто использовал встроенную возможность пакетного переименования Windows 7/8 / 8.1.
1) Разделите страницы каждого файла PDF на отдельные файлы для каждой страницы, чтобы одна папка содержала все нечетные страницы как отдельные файлы, а другая папка содержала все четные страницы.
2) Массовое / пакетное / массовое переименование файлов обеих папок одинаковым образом. Просто выберите все файлы в каждой папке и переименуйте первый как a и нажмите Enter. При этом файлы в каждой из двух папок будут пронумерованы как (1), a (2), a (3) ...
3) В папке с нечетными страницами скопируйте все файлы и вставьте их прямо в ту же папку. При этом он создает копии файлов с нечетными страницами, которые будут выглядеть как (1) - Копировать
4) Переместите эти скопированные файлы в папку, содержащую четные файлы. Это сортирует их перед четными файлами страниц (если файлы отсортированы по их именам).
5) Объедините файлы обратно в один файл, просто следуя новой схеме именования.
Чтобы объединить и разделить PDF-файлы, я использовал pdfIll's Pdf Tools, который доступен бесплатно.