После некоторых поисков и споров, появились две маленькие программы на Python, которые делают именно то, что мне нужно. Оба смогли сбросить все пароли, которые хранятся в gnome-keyring, включая парольную фразу моего ключа ssh. (Конечно, это безопасно, потому что это работает только после того, как я разблокировал свою связку ключей.) См. Эти сообщения в блоге для кода:
http://blog.schmichael.com/2008/10/30/listing-all-passwords-stored-in-gnome-keyring/
http://ins3cure.blogspot.fr/2012/07/extracting-gnome-keyring-credentials.html
Спасибо, Майкл Шуртер и Ливиу. Теперь я могу просто обновить свою фразу-пароль вместо того, чтобы пытаться заменить мой старый ключ ssh в каждой системе, где он установлен.