Ответы:
Я не знаю, как ведет себя Adobe Reader 9.4.6, но в текущем Acrobat Reader X (10.1.4 в моем случае) есть опция именно для этого случая:
(я перевожу из локализованной версии, поэтому названия меню могут отличаться)
Меню -> «Окно» (рядом со справкой) -> «Новое окно»
И вуаля, у вас есть несколько окон с одним и тем же документом. Окна можно отличить по номеру за именем файла, например. filename.pdf: 1, filename.pdf: 2, ... filename.pdf: n