WinPatrol сделает это за вас. Достаточно бесплатной версии, я запускал ее годами, и она делала то, что вы описываете, среди прочего ...
Он работает в фоновом режиме, и появляется диалоговое окно с несколькими вариантами, когда что-то хочет изменить записи запуска.

Я не связан с этим продуктом ни в каком виде, форме или форме.
Еще один вариант анализа запуска (не такой сильный в области уведомлений, но, тем не менее, мощный инструмент):
AutoRuns
Эта утилита, обладающая наиболее полным знанием мест автозапуска любого монитора запуска, показывает, какие программы настроены для запуска во время загрузки системы или входа в систему, и показывает записи в том порядке, в котором их обрабатывает Windows. Эти программы включают программы в вашей папке автозагрузки, Run, RunOnce и другие ключи реестра. Вы можете настроить автозапуск для отображения других местоположений, включая расширения оболочки Explorer, панели инструментов, вспомогательные объекты браузера, уведомления Winlogon, службы автозапуска и многое другое. Autoruns выходит далеко за рамки утилиты MSConfig в комплекте с Windows Me и XP.
