Не существует такого понятия, как «Диспетчер файлов по умолчанию для Linux». Все зависит от того, как вы пытаетесь его открыть. Если вы спросите XDG, вам нужно будет проверить, что XDG считает этим файловым менеджером. То же самое касается любой другой "среды", такой как Gnome или KDE. Если у вас все они установлены, вполне возможно (и хорошо), что у каждого из них будет свой «файловый менеджер по умолчанию».
Случай с приложениями по умолчанию, кажется, в основном из Windows. Там у нас только одна среда, которую нам представляет Windows. Таким образом, понятие приложения по умолчанию действительно эффективно для всей системы. Это не так с Linux.
То, что вы можете воспринимать как приложения по умолчанию в Linux, например, то, что хранится в переменной среды $ EDITOR, - это не столько «настоящее» приложение по умолчанию, сколько просто соглашение, используемое многими людьми, которые пишут системные инструменты и сценарии. Не стесняйтесь определять $ FILEMANAGER, если это подходит для вашего случая использования.