В современной системе, особенно в качестве какого-либо сервера, вы можете обойтись вообще без него - вы можете использовать встроенное видео (избегая использования слота PCI-E для видеокарты), Ethernet (так что вам не нужно) слот расширения для него тоже) и так далее. Большинство современных досок практически автономны.
Что касается системы домашнего сервера, я вижу слоты PCI-E, используемые для карты, которая поддерживает дополнительные порты sata (при условии, что в вашем случае было достаточно места и достаточно энергии). Я хотел бы отметить, что во многих случаях MATX могут не поддерживать полные 6 дисков, которые может обрабатывать плата - в большинстве случаев я видел ручку 2 + 2 или 3 + 2.
Если стоимость не была предметом, вы можете добавить SSD или даже оперативную память на порт PCI-E. Оба они действуют как дорогие, но безумно быстрые варианты хранения. Учитывая, что вы используете матричную доску, я предполагаю, что выбрасывать гранд в очень быстрое хранилище не вариант, на который вы смотрите, поэтому давайте проигнорируем это.
Если ваш сервер также выполняет некоторую форму маршрутизации, которая является обычной, вы также можете выбросить дополнительную сетевую карту (PCI-E для гигабайта, PCI для 10/100). Я часто использую Ethernet как простой и быстрый способ передачи файлов напрямую из системы в систему. Наличие беспроводной связи - еще одна возможность в этой роли.
С платой MATX вы не можете ожидать слишком много карт - у вас будет один x16 (для видеокарты) и до 3 других слотов в соответствии со спецификациями. С другой стороны, в этой роли, как я уже говорил, встроено почти все, что вам нужно - я буду принимать во внимание другие спецификации при принятии решения.