Пользователь не удалил файл, система сделала. Пользователь просто удалил файл из своего собственного каталога. Система удалила файл, потому что его счетчик ссылок упал до нуля. Просто случается так, что пользователь, удаляющий файл из каталога, случайно сбросил счетчик ссылок до нуля. (Если файл был жестко связан с другим каталогом или был открыт дескриптор файла, он не был бы удален.)
Система автоматически удаляет файлы, когда их счетчик ссылок падает до нуля. Владелец файла не имеет значения. Есть много способов, которыми кто-то, кроме владельца файла, может сбросить счетчик ссылок на файл до нуля.
Удаление файла из каталога (так называемое «удаление ссылок») - это операция над каталогом. Отмена связи с файлом уменьшает количество ссылок.
Аналогично, пользователь, отличный от владельца, может закрыть последний дескриптор файла, который не связан ни с одним каталогом. Закрытие этого дескриптора также приведет к удалению файла, поскольку количество ссылок снова упадет до нуля.
sudo
полномочий root без какого- либо повышения привилегий. Вы, наверное, что-то упустили.