Ответы:
rsync сначала сканирует файлы и создает список. поэтому, как только файл будет указан для синхронизации, rsync синхронизирует последнее изменение файла. но если файл отсутствует в списке файлов для синхронизации, который был создан до начала операции синхронизации, он не будет синхронизирован.
Что произойдет, если файлы в исходном каталоге будут изменены во время работы rsync?
Это зависит от того, будут ли они изменены до запуска rsync. Как сказал @Sachin, если они не были изменены до передачи, то изменения во время передачи не будут получены, однако: