Использование rsync. Он будет синхронизировать каталоги в одном направлении. Так что, если вы хотите обновить свою oldпапку со всеми new, но сохранить то, что там, просто используйте:
rsync -avh --dry-run /path/to/new/ /path/to/old/
Это, во-первых, просто выведет список файлов, которые будут переданы. В этом случае: все найденное в newбудет скопировано old, если оно уже там. Все oldостается как есть.
Если это выглядит хорошо для вас, удалите --dry-runаргумент, чтобы передать их по-настоящему.
Эти -avhфлаги просто включите архивный режим (который будет сохранять временные метки и т.д.), многословие и люди-читаемые файлы-размеры. Ничто не будет удалено из пункта назначения, если вы не укажете --deleteфлаг. Консультируйтесь man rsyncдля получения дополнительной информации.