Самая большая вещь - файловая система. К сожалению, сколько бы вы ни дефрагментировали, есть файлы, которые не будут и не могут быть правильно организованы. В результате, по мере того, как компьютер все больше и больше используется, эти файлы (например, реестр, критические системные файлы) становятся все больше и фрагментированнее, что приводит к снижению производительности.
Неверные ключи реестра также являются большой проблемой производительности. Хотя вы упоминали, что регулярно чистили реестр, у вас нет возможности узнать, что вы фактически избавляетесь от всех недействительных ключей - если только вы не хотите искать в реестре вручную, вы полагаясь на то, что автор инструмента считает недействительным.
(Тем не менее, очистители реестра, такие как CCleaner, великолепны, даже если они могут пропустить то, что я могу удалить)
Кроме того, файловая система со временем может страдать от проблем с коррупцией - обычно люди при переустановке используют формат некоторого описания, который заменяет файловую систему, и, как правило, любое повреждение, сопровождающее ее.
К сожалению, Windows похожа на гигантский шкаф для хранения документов. Вы можете сделать все возможное, чтобы сохранить его в чистоте и порядке, но в конечном итоге вам просто нужно будет скопировать файлы и начать все заново.
Редактировать: Молли указала на некоторые фантастические инструменты в комментариях, которые могут помочь в дефрагментации больших системных файлов, которые обычно не дефрагментируются (это даже слово) обычным инструментом дефрагментации. Эти инструменты при правильном использовании могут помочь в продлении этого переформатирования.