Я испытал точно такое же поведение. В итоге оказалось, что причина в том, что Windows не может подключить виртуальный жесткий диск из 4K-секторных дисков. Без шуток. Хотя тот же компьютер (Windows Server 2008 R2) записал эти VHD на этот диск с помощью Windows Server Backup. Поддержка сектора 4k доступна только для Windows Server 2012 / Win8 и VHDX.
На странице приведены некоторые подробности: http://gadgets.itwriting.com/998-why-your-new-2tb-or-3tb-drive-will-not-work-with-windows-backup.html
В моем случае Windows Server Backup все еще работал: мне удалось сделать выборочное восстановление некоторых папок, используя опцию Восстановить.