Все программное обеспечение, включая сервер Apache, работает под учетной записью пользователя. Конкретная учетная запись пользователя ограничивает права программного обеспечения на доступ к ресурсам, таким как файлы или сеть. Однако некоторые «пользовательские» учетные записи являются внутренними для Windows и не представляют пользователей. Apache, скорее всего, будет работать под такой внутренней учетной записью.
Когда вы шифруете файл в Windows, вы также обычно ограничиваете доступ к своей учетной записи. В результате другие учетные записи пользователей больше не могут получить к нему доступ. Поскольку Apache не запускается под вашей учетной записью (в конце концов, он работает, когда вы не вошли в систему), Apache не может получить доступ к вашим зашифрованным файлам.
Одним из простых решений является включение шифрования всего диска. В любом случае это должно быть по умолчанию для ноутбуков; они слишком уязвимы для кражи, потери и т. д. Вам понадобится пароль для загрузки вашего ноутбука, но после загрузки диск останется доступным для всех программ, включая Apache.