Фактически невозможно заставить ТОЛЬКО Chrome использовать прокси / vpn, не нарушая по крайней мере некоторые другие вещи. В Windows Chrome сохраняет эти настройки прокси-сервера (даже если вы используете расширение переключателя прокси-сервера, указанное в другом месте) в стандартной области конфигурации Windows «Настройки Интернета» внутри (не знаю, как правильно это сказать).
Это то же самое меню, которое вы получаете при переходе в «Параметры» из Internet Explorer (браузера) или через панель управления.
Большинство приложений Windows на самом деле используют эти общесистемные настройки для своих настроек прокси-сервера, если они установлены, и любая программа, устанавливающая их, заставит их использовать Chrome. Firefox (по крайней мере, он делал это в 3.x, никаких личных знаний о 4.x или 5.x, но я сомневаюсь, что он изменился) хранил свои собственные настройки прокси, изолированные от окон, так что его можно было установить на выделенные настройки прокси.