Если у вас есть один торрент-файл, который два разных человека скачивали в разных системах, и вы хотите передать то, что человек B загрузил, в систему человека А, то простая и очевидная вещь - просто скопировать файлы Б непосредственно в торрент А, а затем возобновить торрент на систему человека А. Все используемые мной одноранговые программы Bittorrent будут сканировать файлы, когда они начнут выяснять, где они находятся в файле. Поэтому возобновление работы с файлами не является проблемой.
Но - это поможет вам, только если торрент состоял из нескольких файлов, а у человека B было несколько полных файлов или несколько неполных файлов, которые A не начал загружать.
Если вы перезаписываете файлы человека А файлами того же имени, что и у человека Б, вы не будете «объединять» то, что уже загружено между ними, вы будете там, где человек Б остановился на этом файле.
Если ваш торрент представляет собой просто очень большой отдельный файл, это вам не поможет, вы просто перенесете туда, где B прервал загрузку.
В противном случае посмотрите на mergetorrent, как подсказывает @Alexey Markov в комментариях. Я не пользовался этой утилитой, но она, кажется, делает то, что вы хотите.