Фактический вопрос касается поддержки приложений, уже собранных на внешнем диске. Это похоже на пример управления исправлениями. Тем не менее, подход (плохой, задним числом) состоит в том, чтобы изменить приложение с помощью инструмента виртуализации приложения.
Xenocode (лицензируется Novell как Zenworks Application Virtualization) - это продукт, который позволяет вам взять приложение для Windows и, если возможно, создать для него автономный монолитный EXE-файл. Имеет виртуальную файловую систему и реестр внутри своей оболочки.
Они включили IE6, чтобы он мог работать на Vista и других новых ОС. Довольно крутая технология.
Таким образом, если вы не можете найти версию, сделанную кем-то другим, сделайте свою собственную, мир - ваша устрица!