1) Да, к нему можно получить доступ из Liunx. Как объяснили другие, ntfs-3g способен обрабатывать сжатые ntfs.
2) надежность: сжатие в ntfs уже давно (начиная с Windows NT, см. Http://www.ntfs.com/ntfs-compressed.htm ). Я не вижу никаких проблем с надежностью на окнах. Я не уверен в реализации не-Windows (например, Linux). Если ваша единственная задача - чтение данных в linux, это не представляет проблемы с надежностью (монтирование только для чтения - хорошая идея при восстановлении резервных копий в любом случае).
Также данные сжимаются на уровне кластера, который обычно составляет 4 КБ. Физическое повреждение диска затрагивает только отдельные кластеры, а не целые файлы. В этом отношении сжатые ntfs должны быть такими же надежными, как и несжатые.
3) Производительность. В статье базы знаний, на которую вы ссылаетесь, говорится, что производительность может зависеть от серверной системы, где ЦП уже загружен. В настольной системе с текущим ЦП, который вы описываете, использование сжатых файлов ntfs для резервного копирования не должно оказывать существенного влияния на производительность. Напротив, если вы храните сжимаемые данные, вы можете фактически повысить производительность, поскольку у вас меньше операций ввода-вывода. Это особенно верно, если интерфейс (USB 2.0) медленный по сравнению с процессором. Я предполагаю, что ваш процессор должен легко уметь насыщать запись USB 2.0 или читать сжатые файлы NTFS.
4) Если вы установите флаг сжатия для всей файловой системы, у вас не должно возникнуть проблем с несжатыми перемещенными файлами.