Выбор (и определение размера) правильной файловой системы важнее всего, не только для безопасности, но и по многим другим причинам, которые люди обычно не распознают. Без файловой системы вся обработка была бы нулевой.
Очень хорошо сформулированный ответ Олли, и ОП сильно устарела, но файловые системы - моя любимая мозоль, я не мог остаться в стороне. Я не был администратором сайта superuser.com, я не являюсь администратором, но я зарегистрировался и собираюсь посетить больше.
С 2011 года ситуация сильно изменилась, но даже тогда я отформатировал USB-карты FAT и использовал USB-накопители для хранения файлов размером 4 Гб +. Причиной, конечно же, была совместимость, а не безопасность (так много для S в SD, но я использую пароли на своих 7z), и я никогда не носил ничего большего, чем ISO для CD, они были в основном для сценариев SQL и ежедневных почасовых различий уже зашифрованные снимки базы данных сжаты почти до смерти 7-Zip.
В эти дни я ношу любую SD быстрее, чем кто-либо, кого я знаю. В некоторых производственных машинах у моего работодателя есть USB-накопитель для ежечасного автоматического резервного копирования в формате FAT. Хотя я слежу за ними каждый день и - как вы уже догадались - их религиозное резервное копирование вручную (они защищены в автономном режиме при создании ITAR). SSD выровнял некоторые игровые поля, но я до сих пор не доверяю им так же сильно, как обычным HD, а SD хуже оптического. Они портятся в одно мгновение, и потери полностью.
Любая файловая система, которая предлагает операционной системе хоста произвольно записывать в нее (NTFS, Recycle Bin), является плохой новостью для SD. Кроме того, размонтирование очень помогает, ни одна ОС не пытается получить доступ к несмонтированному хранилищу, поэтому любая файловая система будет делать это, пока на SD есть сценарий для размонтирования себя (один из стандартных файлов на каждой моей SD).
Чтение SD сегодня все еще медленное, поэтому я бы порекомендовал что-то вроде дампа диска (dd) для захвата всего изображения при зеркалировании, а не по файлам. dd также сообщит, когда что-то не так, поэтому ваш файловый менеджер не пойдет kaboom.
Конечно, если ваша основная цель - продлить срок службы какого-нибудь копейки, вы идете по своему делу неправильно. Я делаю то, что я делаю, не для продления жизни SD, а для того, чтобы она не испортилась, когда я не смотрю, и есть разница.
Я избегаю ext4 или каких-либо журналов FS на SD, потому что мне все равно, когда они плохо пишут, но, конечно, больно, когда через день я не могу их прочитать!