Ответы:
Если вам также необходимо удалить файл из истории Mercurial , вот вопрос стека переполнения: как это сделать: /programming/3558365/mercurial-remove-file-from-all-changesets/
Я считаю, что вы можете просто проигнорировать их, поместив их в файл .hgignore в папке.