Ответы:
ffmpeg -i filename.mkv -vcodec copy -acodec copy output.avi
должен сделать это, см. ответ Игнасио. он прав, это просто команда, чтобы поддержать его ответ
Преобразование из одного контейнера в другой не влияет на качество содержимого. Возможно, вы страдаете от недогрузки, когда у кодека внезапно заканчиваются данные для преобразования. Проверьте настройки мультиплексирования / чередования.