Ваша проблема была объяснена на вики
настройки
Сисадмины могут настраивать вещи, редактируя /etc/xdg/user-dirs.conf. На данный момент есть только две настройки, вы можете отключить все это, и вы можете указать кодировку кодировки, используемую для имен файлов. Они также могут устанавливать или изменять каталоги по умолчанию и их начальные значения в /etc/xdg/user-dirs.defaults.
$ (XDG_CONFIG_HOME) /user-dirs.dirs указывает текущий набор каталогов для пользователя. Этот файл имеет формат оболочки, поэтому к нему легко получить доступ из сценария оболочки. Этот файл также может быть изменен пользователями (вручную или через приложения) для изменения используемых каталогов. Примечание. Чтобы отключить каталог, укажите его в homedir. Если вы удалите его, он будет воссоздан при следующем входе в систему.
Таким образом, ваш ~/.config/user-dirs.dirs
может быть изменен как
XDG_DOWNLOAD_DIR="$HOME"
XDG_TEMPLATES_DIR="$HOME"
XDG_PUBLICSHARE_DIR="$HOME"
XDG_DOCUMENTS_DIR="$HOME"
XDG_MUSIC_DIR="$HOME"
XDG_PICTURES_DIR="$HOME"
XDG_VIDEOS_DIR="$HOME"