Многие USB-накопители очень медленные, особенно для записи, поэтому вы можете сделать очень мало, кроме как попробовать более быстрый накопитель.
Чтобы ответить на ваш прямой вопрос: вы можете получить некоторое представление о том, что происходит на диске iotop -o- если оставить его запущенным в течение загруженных периодов, которое покажет вам, какие процессы активно выполняют чтение / запись на диске и сколько. Это может выделить какой-то процесс или службу, без которых вы можете обойтись, и отключить их, чтобы помочь им в этом. Есть несколько заданий crons во многих установках Linux, которые сканируют порцию файловой системы (если не всю ее / их) время от времени, чтобы обновить поисковые кэши (например, updatedbзадачу, которая обновляет данные, используемые такими командами locate) - если вы найдете одну из это вызывает вашу медлительность, тогда их можно безопасно удалить из списка вещей cron для регулярного запуска.
Сколько оперативной памяти у вас на целевой машине? Если по этой мере это небольшая машина, то это не поможет, так как будет мало места для кэширования чтений (поэтому для повторного чтения через некоторое время нужно будет снова приходить с USB-накопителя, а не из кэшированной копии в ОЗУ).
Вы также можете попробовать урезанную версию Ubuntu, особенно если у вас мало оперативной памяти, но она также может помочь, если у вас много ОЗУ, но медленный диск (-ы), сокращая время загрузки, если ничего больше. lubuntu - популярный выбор для этого - все обычные пакеты доступны, если они вам нужны, но по умолчанию он устанавливает меньше, по умолчанию запускает меньше служб при загрузке и использует среду рабочего стола с меньшим весом (все, кроме этих изменений, одинаково , так что вы должны найти его относительно знакомым, даже если Ubuntu - единственный вариант Linux, с которым у вас большой опыт работы).