Если вы пометите один слой как активный, выбрав его в слоях, затем нажмите Ctrl-A
так, чтобы выбрать все, а затем Ctrl-T
преобразовать, вы фактически измените размер только выбранного слоя. Это то, что вы искали? (Если нет, пожалуйста, включите скриншот)