Эмулятор действует совершенно как что-то другое. Эти приложения обычно содержат все, что содержится в исходном приложении или платформе.
Однако Wine действует как переводчик, реализуя только необходимые функции Windows, а также переводя их в инструкции, понятные для X-Windows.
Более практичным примером будет виртуальная машина. При запуске Windows в Linux с использованием виртуальной машины, виртуальная машина эмулирует Windows, так как загружена полная ОС и отсутствует прямое взаимодействие с хостом.
Однако Wine напрямую и в случае необходимости обращается к X-Windows за определенными инструкциями, поэтому для работы приложений в Wine требуется определенный период времени.
Больше можно найти в Википедии здесь .