Я просто перехожу на настройку 3 монитора самостоятельно. В основном, пока видеокарта работает, вы можете использовать ее. Я получаю 2 карты PCI-e Nvidia 8600 и не использую SLI (материнская плата не поддерживает), однако SLI не требуется.
Почти все известные мне операционные системы поддерживают несколько мониторов, если карта gfx включена, то вы можете использовать ее.
Что касается встроенных портов VGA, то нет причин, по которым это тоже не сработало бы, хотя я думаю, что большинство BIOS отключают встроенный дисплей, если обнаруживают, что у вас есть карта gfx, поэтому вам, возможно, придется изменить настройки BIOS так, что бортовая VGA инициализирована.
Редактировать: Как указывает Уилл, Vista немного требовательна, когда дело касается нескольких карт, все карты должны использовать один и тот же драйвер, поэтому вы не сможете использовать встроенную и другую карту gfx под Vista.