Ответы:
От rsync до облачных общих папок (вы можете использовать такие вещи, как own-cloud или drop-box) Linux предлагает практически любые варианты, которые вы можете себе представить.
Вы можете запланировать инкрементное резервное копирование, а также полное резервное копирование. В зависимости от вашей файловой системы, если у вас есть zfs, вы можете использовать «моментальные снимки» (это полезно, если вы постоянно переносите большие объемы данных). В Linux также есть система журналирования, если вы любите подобные вещи. Существует множество вариантов в зависимости от ваших настроек.
Также я считаю, что 5-минутная синхронизация немного агрессивна.