Ответы:
Самый простой способ - это просто запустить forцикл над всеми файлами. Хорошо, что set(вход для for-loop) принимает те же шаблоны, что и обычные cmd.
Для использования в командном файле:
FOR %%f IN (*) DO command.jar %%f
Для использования из командной строки:
FOR %f IN (*) DO command.jar %f