У меня Raspberry Pi 3 под управлением Gentoo и часы не синхронизируются с NTP после перезагрузки. Как только система снова включается, она восстанавливает последний записанный момент из swclock. Я должен запустить службу ntp-client вручную, чтобы синхронизировать часы. Конфигурация кажется правильной, поскольку swclock находится на уровне загрузки, а ntp-клиент - на уровне по умолчанию.