Ну, я думаю, что ответ зависит от того, как было разработано устанавливаемое вами приложение.
Правильно ли он помещает все созданные пользователем данные в соответствующие папки в профиле пользователя или предназначен для универсального запуска (и сохраняет созданные пользователем данные в общей структуре папок, такой как все пользователи)?
Полагается ли он на ключи реестра в профиле пользователя (HKCU) или на общий реестр (например, HKLM).
Требуется ли разрешение на выполнение для выполнения? (может быть хорошей причиной для варианта «Только для меня», если не администраторы не должны видеть приложение).
Это всего лишь пара вопросов, на которые стоит ответить.
Вообще будет ли проблема, если отключено «Только для меня»?
В зависимости от ответов на другие вопросы (при условии, что приложение будет работать нормально для любого пользователя), я думаю, что это, вероятно, безопасно, но это также зависит от того, на какую операционную систему вы устанавливаете.
Некоторые из более поздних ОС, такие как Vista, недовольны определенными проектами (например, требуют UAC для определенных функций) или не разрешают вносить изменения в HKLM в реестре. Другими словами, вам лучше убедиться, что приложение будет работать хорошо для всех пользователей (включая не администраторов).