Какой статистический тест следует использовать для проверки обогащения списков генов?

Я провел эксперимент, чтобы проверить клеточную чувствительность к определенному агенту повреждения ДНК. Мы обнаружили 270 генов, которые были специфически чувствительны к препарату, и общее количество проанализированных генов составило 3668. 38 из 270 чувствительных генов классифицируются как «гены репарации ДНК». Если количество «генов репарации ДНК», содержащихся в геноме, равно 112, а общее количество генов в геноме - 3668, обогащены ли чувствительные гены генами репарации ДНК? Какой статистический тест следует использовать? Я был бы признателен, если бы вы могли также рассказать мне какой-нибудь инструмент для расчета p-значения в Интернете.

$2\times2$

Вы можете провести тестирование Rследующим образом:

fisher.test(matrix(c(38,74,232,3324),nrow=2,ncol=2),alternative="greater")

Что дает весьма значительный результат:

Fisher's Exact Test for Count Data

data:  matrix(c(38, 74, 232, 3324), nrow = 2, ncol = 2) 
p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true odds ratio is greater than 1 
95 percent confidence interval:
5.062107      Inf 
sample estimates:
odds ratio 
7.34918

Обратите внимание, что, поскольку мы проверяем избыточное представление (а не недопредставление), для alternativeпараметра устанавливается значение "greater".