Если ваше программное обеспечение не работает без этих файлов, у вас будут проблемы с любым видом развертывания, ручным, автоматическим или непрерывным, с любым типом VCS или даже без VCS. Так что либо измените ваше программное обеспечение, чтобы оно могло работать фактически без этих файлов (например, оно могло бы принимать какие-то «параметры по умолчанию», если файлы отсутствуют), либо вы предоставляете некоторую версию этих файлов, подходящих для развертывания, которые копируются ( как часть шага развертывания) в среду назначения в случае отсутствия «частной» версии этих файлов.
Если вы говорите о чем - то , как файл , содержащий учетные данные базы данных для входа на сервер, который, по соображениям безопасности, вы не хотите быть в системе управления версиями, то вы должны поместить этот файл в среде развертывания один раз , вероятно , вручную человеком, который имеет достаточные права или знает пароль. Но это сделано намеренно и не должно мешать вам ежедневно развертывать новые версии вашего программного обеспечения. Просто убедитесь, что файлы учетных данных на месте не перезаписываются при развертывании новой версии.