Есть несколько способов смешать нативное приложение и приложение браузера.
Вы можете встроить браузер в собственное приложение, как в приложениях PhoneGap на мобильных устройствах. Это позволит вам расширить движок javascript браузера и делать вызовы между ними.
В качестве альтернативы, переосмыслите свою архитектуру. Пусть и собственное приложение, и приложение на основе браузера используют сервер в качестве посредника. Таким образом, и браузер, и собственное приложение общаются только с веб-сервером, который при необходимости передает информацию между ними.
Или, если вам нужна собственная функциональность ... просто создайте одно собственное приложение.
Я не рекомендую подход «локальный веб-сервер» ни для чего, кроме приложений, запускаемых в контролируемых средах. Если ваше программное обеспечение предназначено для установки и запуска на компьютерах конечных пользователей с минимальными требованиями к поддержке, вы столкнетесь с целым рядом проблем, связанных с брандмауэром и антивирусным программным обеспечением.