Есть веские причины хранить SQL в таблице. Программное обеспечение, с которым я работаю на работе, теперь включает систему для генерации документов, и документы должны включать довольно сложные вычисления с использованием данных в базе данных. Документы часто обновляются, часто существенно различаются с точки зрения необходимых данных и расчетов, которые необходимо выполнить. SQL в основном используется как язык сценариев для выполнения этих вычислений, и этот SQL хранится в таблицах, которые также хранят другую информацию для этих документов. Люди, которые поддерживают эти документы, не являются программистами или администраторами баз данных, но они знакомы со схемой базы данных и владеют SQL. Для них было бы очень сложно поддерживать этот код SQL в форме хранимых процедур.
Для того, что вы описали - «... проект, который потребует довольно много заданий cron, которые будут периодически выполнять операторы SQL» - другие ответы, вероятно, верны, если вы предполагаете, что вы использовали процедуры хранения или эквивалентные для СУБД, которую вы используете » повторное использование.
Хороший критерий для принятия решения о целесообразности хранения SQL в таблице по сравнению с хранимой процедурой - это определение того, кто будет поддерживать этот SQL. Если пользователи поддерживают этот SQL, то есть пишут его и изменяют всякий раз, когда хотят, тогда может быть очень хорошо, и даже лучше, хранить этот SQL в таблице. Если разработчики будут поддерживать этот SQL, он должен быть сохранен в форме, которая может быть обновлена вашими (возможно, автоматизированными) процедурами сборки и развертывания, например, сохранена как объект, подобный хранимой процедуре в самой базе данных.