Это действительно зависит от того, какие данные это и должно быть решено в каждом конкретном случае, возможно, даже для отдельных файлов. Посмотрите на содержимое этих файлов. Чаще всего вы можете сказать, что они имеют в виду. Такие вещи, как положение и размер окон IDE - это то, что вам не нужно в управлении исходным кодом.
Но некоторые файлы проекта IDE являются жизненно важными метаданными проекта. Я плохо знаю Netbeans, но для eclipse файл .project сообщает IDE, как называется проект, что это веб-проект Java и т. Д., А файл .classpath содержит информацию об исходных папках и библиотеках. Некоторые файлы в каталоге .settings могут быть одинаково важны, например, org.eclipse.core.resources.prefs содержит информацию о том, какая кодировка должна использоваться для каких файлов.
Как метаданные проекта, этот материал очень заслуживает того, чтобы быть версионным в системе контроля версий.
Некоторые IDE могут импортировать метаданные проекта из других IDE. Было бы еще лучше иметь его в форме, не привязанной к конкретной IDE.
Для Java есть такая вещь: Maven . Это накладывает строгие соглашения на структуру проекта и позволяет указывать метаданные проекта (например, зависимости библиотек) в одной точке (файл с именем pom.xml, который находится в главном каталоге проекта и, конечно, в управлении исходным кодом). Существуют плагины, которые затем создают файлы проекта IDE из конфигурации Maven, и другие, которые могут автоматизировать процесс сборки проекта или делать что угодно. Иногда кажется, что это делает вещи излишне сложными, и на то, чтобы учиться, требуется некоторое время, но выгоды, как правило, того стоят.