Просто вставьте их. С этим проблем нет, если только вы не используете git (который плохо объединяет двоичные файлы, так что вам придется управлять ими самостоятельно), или вы делаете это слишком много раз (только когда это происходит готово к отправке, не каждый раз, когда вы его строите).
Большинство дельта-двоичных файлов SCM довольно хорошо, мы использовали для размещения в нашей SVN 2-мегабайтный ресурсный ресурс, и каждый раз он бы составлял несколько килобайт.
Я слышал много аргументов, что SCM для источника, а не для двоичных файлов, но это явно неверно, если учесть, что большинство программного обеспечения состоит из изображений, даже если они просто файлы значков. Это двоичные файлы, но они являются частью источника, так что вставьте их и не будьте настолько догматичными. Я также слышал, что вы можете просто перестроить двоичный файл, когда это необходимо, часто это так, но это может быть огромной тратой времени на старые системы, которые больше не поддерживаются. Если вам нужно заново создать систему только с более старыми пакетами обновлений или исправлениями, чтобы соответствовать системе, которая использовалась для сборки двоичного файла 3 года назад, вы будете рады, что добавили корзину в свой SCM.
Единственное время, когда вам нужно беспокоиться о добавлении сборок в SCM, - это если вы делаете это автоматически как часть процесса сервера сборки - не делайте этого. Вы будете заполнять свой SCM сборками, которые не приносят вам никакой пользы. Вместо этого только добавьте их, когда они выпущены. Таким образом, вы точно знаете, что есть у вашего клиента, и можете воспроизвести любые проблемы, о которых сообщали клиенты, с помощью используемых ими двоичных файлов, а не тех, которые вы перестроили (используя, скажем, последние обновления для компилятора или ОС).