Как это часто бывает в вычислениях, ответом является (а) из-за исторических обстоятельств и необходимости поддерживать обратную совместимость и (б) потому что некоторые методы лучше подходят для некоторых задач, чем другие.
На (а) вы должны помнить, что «винчестерский диск» - я достаточно взрослый, чтобы помнить, что их так называют (то, что остальной мир называет «жестким диском»), существует только около половины время электронных вычислений, и даже тогда оно не было доступно большинству пользователей даже в течение столь длительного времени по причинам стоимости. Файловая система FAT хорошо работала на гибких дисках, а также на оригинальных маленьких жестких дисках, поскольку она была достаточно эффективной и требовала минимальных накладных расходов. Как только он начал использоваться - и его использование широко распространилось, потому что его легко внедрить - производители не могли сказать своим пользователям, что их старые данные внезапно оказались недействительными.
Точно так же, для пользователей Linux, скажем, долгое время требовался стабильный драйвер NTFS, поэтому сохранение устройств в формате FAT означало, что их можно было читать и записывать в нескольких системах.
На (б) - подумайте о различиях между системой, которая, скажем, хранит миллиарды текстовых записей базы данных, и системой, которая хранит медиафайлы DVD-длины. Для базы данных каждая запись может быть очень маленькой - возможно, всего 30 или 40 байт, и, конечно, файловая система, которая выделяет целый «сегмент» (как вы хотите это определить) диска, вероятно, будет растрачивать пространство на диске. С DVD это не так - большие «сегменты» (в разумных пределах, очевидно), вероятно, будут очень эффективными в космическом плане.
Таким образом, разные файловые системы предназначены для разных целей.