Количество файлов в папке теоретически может быть неограниченным. Однако каждый раз, когда ОС будет обращаться к определенной папке для поиска файлов, ей придется обрабатывать все файлы в папке. При наличии менее 500 файлов вы можете не заметить никаких задержек. Но если в одной папке находятся десятки тысяч файлов, простая команда списка папок (ls или dir) может занять слишком много времени. Когда к этим папкам можно получить доступ через FTP, это действительно будет слишком медленно ...
Проблемы с производительностью будут зависеть не от вашей ОС, а от скорости процессора, емкости диска и памяти. Если у вас есть такое количество файлов, вы можете объединить их в один архив и использовать систему архивации, которая оптимизирована для хранения большого количества данных. Это может быть ZIP-файл, но, что еще лучше, храните их в виде больших двоичных объектов в базе данных с именем файла в качестве первичного ключа.