Сохраните свои конфигурации в EFS и смонтируйте EFS в том месте, где ожидаются конфигурации Nginx. Поочередно поместите их в Amazon S3 и время от времени запускайте синхронизацию, либо используйте s3fs (будьте осторожны, s3fs может оказаться недостаточно для производственного использования).
Когда вам нужно изменить конфигурацию, увеличьте желаемый размер вашей группы автоматического масштабирования, чтобы удвоить то, что вам нужно для запуска новых экземпляров с новой конфигурацией, а затем вернитесь к тому, что вам нужно, что удалит старые экземпляры. Поочередно просто перезагрузите серверы.
Другой вариант - просто отправить новые конфигурации на сервер с помощью базового средства автоматизации, такого как развертывание кода AWS.
Полностью автоматизированные опции, описанные выше, технически лучше и чище, но если вы редко меняете конфигурации и хотите простое решение, это может помочь.