ASP.NET AppDomain перезапускается всякий раз, когда вы «касаетесь» web.config. Можно отключить уведомление об изменении файла (FCN) для папки, но обычно это не лучший выбор, если вы можете помочь. Если вы отключите его, это просто означает, что вам нужно вручную перезапустить пул приложений, чтобы изменения вступили в силу.
До IIS7 только изменения ASP.NET вызывали бы перезапуск AppDomain, но с IIS7 и многими настройками, расположенными в web.config, это более распространенная проблема. то есть изменение документа по умолчанию в IIS 7 Manager приведет к тому, что AppDomain перезапустится.
В идеале вам просто нужно снизить уровень изменений или иногда применить изменение к applicationHost.config (что не вызывает перезапуска AppDomain), а не к web.config.