Я не уверен, какой тип решения вы ожидаете. Вы, вероятно, знаете о рабочих местах в cron, но я бы не стал обновлять системы для слепых, поскольку необходимы вмешательства человека (и именно поэтому они платят вам за это, верно?)
Если бы у вас были полностью идентичные системы, вы могли бы рассмотреть возможность использования чего-то вроде rsync, чтобы внести различия, но выяснить, какие файлы не для rsync, может быть сложно, и я бы не стал этого делать во время работы служб. По крайней мере, сценарии обновления настроены для управления перезапуском служб и объединением различий в файлах конфигурации.
Возможно, если вы объясните, в чем проблема с выполнением команд apt-get, мы увидим, чего вы хотите избежать.
Если проблема заключается в пропускной способности и времени для загрузки, возможно, вам следует настроить один ящик в качестве локального репозитория Debian. Как это сделать, есть руководства Debian.
Вот несколько советов о том, как минимизировать количество вещей, которые нужно обновить.
Когда вы устанавливаете Debian, не устанавливайте Desktop, если вам действительно не нужно использовать X на этой консоли. Большинство серверов не требуют X установлен. Это может значительно уменьшить количество пакетов в системе, и вам не нужно обновлять столько пакетов.
Убедитесь, что в sources.list включены только те репозитории, которые вам действительно нужны. Если вы экспериментировали с каким-либо хранилищем и забыли об этом, возможно, вы вносите обновления, которые вам не нужны или не нужны.
Если у вас возникли проблемы с слепым выполнением обновлений на рабочем сервере, будьте осторожны, обращаясь к руководствам по обновлению Debian, когда происходит серьезное обновление (4.0 до 5.0). Они пройдут очень хорошо, если вы будете следовать инструкциям по обновлению. Это не так просто, как запустить apt-get dist-upgrade и уйти. Иногда в инструкциях даже есть указатели на то, когда следует запускать aptitude, а не apt-get - в них есть небольшие различия.