Подключитесь к компьютеру через RDP. Создайте файл connect.dat следующим образом, заканчивая его пустой строкой (обязательное требование, sic!):
connect your-VPN-server-here
your-username-here
your-password-here
Затем создайте файл connect.cmd следующим образом
for /f "tokens=3 delims= " %%G in ('tasklist /FI "IMAGENAME eq tasklist.exe" /NH') do SET RDP_SESSION=%%G
Rundll32.exe user32.dll, LockWorkStation
tscon.exe %RDP_SESSION% /dest:console
"C:\Program Files (x86)\Cisco\Cisco AnyConnect Secure Mobility Client\vpncli.exe" -s <connect.dat
При необходимости исправьте путь к vpncli.exe. Затем завершите процесс пользовательского интерфейса VPN (он не должен загружаться в память) и запустите наш файл CMD в качестве локального администратора.
Если вы не возражаете, полное примечание здесь http://windowsasusual.blogspot.ru/2016/10/cisco-anyconnect-vpn-and-remote-desktop.html