Вы можете поместить ./ перед файлом - таким образом rm или rmdir не будут вести себя так, как будто имя файла является флагом опции.
Вы также можете выполнить опцию - которая говорит rm действовать так, как будто все после - это имя файла и что он не должен обрабатывать больше опций. Возможно, существуют старые версии rm, которые не подчиняются этому, хотя мой зоопарк античных юниксов в наши дни стал довольно маленьким, поэтому я не могу сказать вам, какие из них или есть версии, которые не понимают -.
Вы должны привыкнуть ставить ./ перед именами, когда вы все равно удаляете - вы никогда не узнаете, есть ли в вашем каталоге файл -r или -rf с именем. Вы могли бы сказать, что вы всегда должны использовать - но я считаю, что ./ более естественный, потому что он явно говорит: «Я хочу удалить файлы в этом каталоге, а не то, что * случается с глобусом»