Большинство инструментов управления конфигурациями действительно хороши в этом. Puppet и Chef - два самых популярных, а Radmind - тот, который я использую.
Документация по конкретному инструменту даст вам представление о том, как реализовать управление исправлениями - она варьируется от инструмента к инструменту.
Другие варианты включают централизованное хранилище yum / apt / what и собственные сценарии для извлечения исправлений из него через запланированные промежутки времени (или по запросу), а также есть коммерческие решения от некоторых крупных поставщиков, некоторые из которых (например , RH Satellite от RedHat ) довольно отлично, если вы проводите время, изучая, как они работают, и действительно пользуетесь их возможностями.
Один пункт, который еще никто не указал, на что, как я чувствую, стоит обратить внимание, - это однородность - насколько это возможно, сделайте ваши серверы взаимозаменяемыми винтиками, использующими одно и то же программное обеспечение. Это значительно упрощает управление исправлениями (одни и те же исправления должны быть повсюду), и IMHO значительно облегчает жизнь по мере роста вашей среды.