Чтобы ответить на ваш вопрос, целесообразно ли форматировать с NTFS или exFAT ?
Как вы упомянули, это полностью зависит от того, какие операционные системы будут смотреть на этот диск. Если вы говорите о Vista +, то NTFS просто в порядке. В то время как другие ОС (не Windows) могут читать диски NTFS, я не уверен, что их поддержка так же хороша, как FAT32.
exFAT был недавно добавлен в микшер как способ обойти некоторые ограничения FAT32.
Есть и другие соображения. Windows 7 имеет поддержку BitLocker ToGo, которая обеспечивает полное шифрование жесткого диска и монтирование с использованием простого пароля. Это чтение / запись в Windows 7, а затем чтение только в Vista и XP, и кроссплатформенная поддержка отсутствует.
Если вам нужен наименьший общий знаменатель, я бы пошел с FAT32 и разобраться с ограничениями. Если вы просто используете Windows XP +, то NTFS. Если вы используете Vista +, тогда exFAT.