Во-первых, параллельные записи определенно не подходят для хранилища MyISAM. Каждый из них заблокирует всю таблицу (за исключением чтения в некоторых случаях). Если InnoDB вам не подходит, попробуйте TokuDB. Но это будет медленнее по сравнению с MyISAM из-за транзакционной природы движка TokuDB (и, конечно, InnoDB) (вы должны записывать одни и те же данные как минимум дважды: журнал и файлы данных). Кроме того, если ваш сервер когда-нибудь выйдет из строя, вы будете часами ждать восстановления таблицы MyISAM 40 Гб.
Если вы по-прежнему хотите загружать данные в свои MyISAM-таблицы и хотите делать это быстро, я могу рекомендовать использовать LOAD DATA INFILE
вместо вставок. Это самый быстрый способ загрузки больших объемов данных в таблицу. И да, индексы будут снижать производительность вставки в геометрической прогрессии.
Несколько слов о разделах: INSERT-операторы в MySQL не поддерживают сокращение, поэтому все ваши разделы будут проверяться для каждого оператора на предмет уникального соответствия индекса. Кроме того, все разделы будут заблокированы до окончания вставки.