После небольшого разговора на IRC общее мнение таково: ядро linux разделяет некоторый код между ipv4 и ipv6, и это может сделать полное отключение ipv4 совершенно невозможным. Вы можете попытаться скомпилировать ядро без частей ipv4, но ipv6 может не скомпилироваться в этом случае (но ничто не мешает вам попробовать!).
Вы можете удалить адреса ipv4 из интерфейсов, AFAIK, но я не думаю, что в настоящее время возможно полностью отключить ipv4.
РЕДАКТИРОВАТЬ: После быстрой проверки на make menuconfig
ядре 2.6.36 я не мог найти способ отключения ipv4 без отключения всего стека TCP / IP (и так, ipv6).